布林的人众竭诚地恳请尊者的大弟子惹巴寂光等，请求尊者到毒龙顶窟茅篷去居住，尊者就在那里去住了些时，为布林村的施主们说法。一天，尊者告诉所有的徒众说：“你们如果对于法上有什么疑问，应该赶快问我，我快要走了。”于是徒众们就预备了会供轮，大家向尊者祈请问法，质疑口授。最后智贡巴和萨问日巴二人启禀尊者说道：“上师老人家啊！由您的话看起来，您很快就会涅槃了，我们简直不能相信。请您长久住世，可以多作利生的事业啊！”
尊者说道：“我的世寿将要尽了，应该化度的众生，也已经化度完了。凡物有生必有死，其实，生亦不过是死的表征罢了！”
过了几天，尊者果然现出生病的征象，弟子雁总惹巴因为尊者生了病，就集合所有的施主及所有的徒弟前来，祈求上师、本尊、空行护法，举行会供。同时对尊者说：“上师啊！您老人家是知道长寿法和药物疗治等法的，现在请您本着慈悲来用一下好吗？”
尊者说道：“从根本上讲起来，瑜珈行者是用不着修什么法的！一切逆、顺境界莫不是道，病也可以，死也可以。尤其是我密勒日巴，把大恩上师马尔巴的法都已经修完了，现在用不着修法求神来帮忙；我可以将仇敌做为心爱的伴侣，还要修法求菩萨做什么用？若说那些妖魔鬼怪呢，早经我降伏，都已变成守护佛教的护法了，所以念咒降妖摇铃打鼓这一套法更用不着。我已经转五毒（‘五毒’即贪、瞋、痴、慢、嫉五种烦恼；此五烦恼即是五智如来或五如来的自性）成五智如来（‘五智’是成所作智、平等性智、妙观察智、大圆镜智、法界体性智。‘五如来’是不动佛、宝生佛、阿弥陀佛、不空成就佛、大日如来佛），还要医药六味何用？现在时间已到，生起次第的幻化佛身，法尔要趋入圆满次第的光明法性中，这是无庸更改的！
“世上的人，由于从前所作恶业的果报，今生受生、老、病、死等等的痛苦，虽然用医药来治疗或是求佛修法，仍旧不能够解除痛苦。无论国王有怎样的权势，勇士有怎样的雄力，富豪有怎样的资财，美人有怎样的姿色，聪明人有怎样的机智，和演说家有怎样的辩才，他们都要终归幻灭和死亡，这一切都不是用任何息、增、怀、诛的方便所能挽救的。你们如果怕痛苦、喜安乐，我有一个方法，可以使你们不受痛苦，常享安乐。”
弟子们说：“那么请上师告诉我们吧！”
尊者说：“轮回的一切法，成者终将坏，聚者终将散，生者终将死，爱者终将离。能于此理有决定的觉悟，就应彻底放弃招致苦果的作业：不求财，不营利，依止一位条件具足的上师，依教修行无生法要。你们要知道修行无生空观，是一切修行中最殊胜的。此外我还有其他要紧的话，以后再对你们说。”
大弟子惹巴寂光和总惹巴两人齐向尊者说道：“上师！您老人家如果身体健康，长久住世，不是可以多救度一些众生吗？您也许不受我们的请求，住世百年；但是无论如何要请您修一修秘密真言乘的殊胜仪轨，服一点药物，早一点恢复健康。”他们再三的这样恳求。
尊者就说：“如果不是时节因缘已经到了，我原可以照你们二人的话去做。可是如果不是为了利他的原故而求自己长寿，利用真言仪轨请佛菩萨降临，就等于把皇帝从王座上请下来当佣人使唤一样，这是有罪的。所以你们不应该为了自己，为了此生，而修真言法。如果是为了利益众生的原故而修真言法，那自然是很好的。我为了一切众生，在无人山中终生修习最了义的仪轨，所以我也再用不着修其他任何的仪轨了。我的心境已经达到了与法界体性一如、不可分离的境界，故不需要再修什么住世法。依着马尔巴上师的口诀良药，把我的五毒完全拔除净尽了，所以我更用不着任何医药。你们如果不能以逆缘为助道，则不能算是真正的学人。如果时节未到，遇见逆境，障碍菩提道，那么服药修法都是应该的。像这般除遣逆缘转成助缘的时节，并非没有。为了超度下根众生的原故，世尊释迦牟尼也曾经受耆婆童子（Jivaka Kumara）医师诊病服药。但是时节因缘一到，佛陀自己也示现入了涅槃。现在呢，我的时节因缘已到，所以根本用不着服药修法了。”
两大弟子又请问道：“尊者一定要为着利他的原故到他方世界去，那么就请您告诉我们尊者身后和涅槃时供养的方法，怎样料理遗体，怎样做像建塔。此外，再请您告诉我们徒众，如何以闻、思、修而行道修习。”
尊者说：“我依着上师马尔巴的恩德，轮回、涅槃一切作业皆已净尽。身、口、意三业在法性中解脱了的瑜珈行者是不一定要留下尸体的；你们用不着造像，也用不着建塔。我没有贪爱寺庙的执着，既没有庙宇，就用不着嘱咐什么人来作住持。你们将高山雪山无人寂寞之处来当做自己的寺庙好了。在高山上你们为了悲悯六道众生而修行，这就是四时最殊胜的造像。了达一切法本来清净，即是修塔建幢。心口如一，从内心的深处发起祈祷就是最胜的供养。
“如果甘与烦恼及我执深重的人为伍，作损恼众生的事情，那就是违背了学佛人应有的操守了。如果是为了降伏五毒和利益众生，表面上好象是在作恶业，实际上却是在行佛道，这是没有关系的。
“仅是了解佛法而不实际修行，虽然多闻却反成障碍；结果一定堕落在三恶道的深渊里去。所以要思维人命无常，对自己所知道的善恶业努力警策与防护，即使绝命亦决不作恶事。简单的说来，学佛人要对自己知耻，才能行道。你们这样地去修行，可能与某一些宗旨乖谬的论典和书籍所说的话相违反；但是这样做去，是与诸佛菩萨的本意相契合的。所有一切闻思的心要，略言之亦不过如是。我也以为这样就足够了。你们若能按照我的话去做，我也就心满意足。你们对轮回、涅槃的一切作业，也可以达到究竟。否则以世俗的眼光和方式来满足我的心愿，是毫无利益的。你们且听我唱一只如何有益歌：
敬礼恩师马尔巴前，在此集会诸徒众，
听汝老父密勒歌，最后咐嘱应谛听！
依于上师马尔巴恩，瑜珈行者我密勒，
一切作业皆已毕。汝等后学诸徒众，
应如我教而修行；十方诸佛皆欢喜。
我及诸佛欢喜故，自他事业皆成就；
违我所教诸行业，自他二利俱难成；
坏自他故我不喜。
若师不具净传承，求得灌顶有何用？
自心与法不相合，手持法典有何用？
若不舍弃世间法，依诀修观有何用？
三业与法不相合，念诵仪轨有何用？
恶语利嘴不对治，修行忍辱有何用？
亲仇爱怨不舍弃，纵行供养有何用？
自利之心若不除，徒行布施有何用？
不识六道皆父母，寺庙虽佳有何用？
此心不生清净见，修造佛塔有何用？
若难四时修瑜珈，造佛形像有何用？
心坎深处不祈祷，依时供养有何用？
心中若不化口诀，自讨苦死有何用？
死时不生大信心，观摩佛相有何用？
不生悲哀出离心，舍此弃彼有何用？
不修爱人逾爱己，口说慈悲有何用？
若不降伏烦恼因，承事供养有何用？
若不持续上师教，徒众虽多有何用？
无用无益之作业，招损恼故应舍弃！
所作已作我密勒，于诸烦扰无聊事，
无须多作可休矣。
弟子们听了尊者的歌唱，深为感动，大家都把这个训示铭记在心。
不久，尊者示现疾病沉重。那时，操普博士带了很精美的酒肉假装着要来供养尊者；来到尊者的面前，讥笑的说道：“唉！像尊者这样的大成就者，是不应该害这样重病的啊！你怎么也会害起病来了呢？如果病能够分给别人的话，你可以分给各大弟子；如果病可以转送的话，就请你把病转送给我吧！您现在是一筹莫展，怎样了局呢？”
尊者安祥地微笑着说道：“我本来不必生这一场病的。目下不得不生病的原因，你应该很清楚吧！一般凡夫的生病原与瑜珈行者的生病性质不同，缘起亦不同。我现在的病，实为佛法庄严之表现，让我唱一只歌来给你听：
生死涅槃一切法，法界体性显光明；
以大手印印一切，诸法无二等一味；
我知顺逆皆法性，心无挂碍大自在。
魔病罪恶一切障，安住气脉明点处（气、脉、明点是密乘身金刚的三要素，也是人的三种基本：‘气’即是动能，包括呼吸气息及现代的所谓电波电子作用；‘脉’凡管状的器官及神经系统均属之；‘明点’是一切内分泌）；
为我修持作庄严，为我德行作庄严；
愿大罪人罪清净。此病原可作移转，
而今可以不必矣。
操普博士心中想着：尊者似乎在怀疑着他，可是不敢决定。因为尊者说病可以转移，这一点，是决定不可靠的，天下哪里有病可以移让给人的事呢？于是他就说道：“我对于尊者的病因不很清楚。如果病由魔鬼附身而起，就应该修驱魔法；如果是由四大不调和而起，就应该调身服药。如果病真的能够转移到别人身上来，就请尊者把病移到我身上好了。”
尊者说：“有一个大罪人，心中的魔鬼跑出来损伤我，使得我四大不调生了病。这场病你是无此能力把他除掉的。我这个病虽然可以移给你，只是恐怕你一刻都受不了，所以还是不移的好。”
操普心想：“这个家伙根本不能把病让给什么人，所以故意说这些风凉话。非使他出丑不可！”于是就再三坚持请求尊者一定要把病转让给他。
尊者就说：“你既然这样坚持请求，我就暂时把病移向对面那扇门上去。倘若移给你，你是受不住的！你看好了！”尊者就以神力把病苦移到对面那扇门上。门最初发生吱吱的响声，似乎是要分裂的样子，一会儿真的裂开来成为许多的碎片。再看尊者，果然现出无病健康的样子来。
操普博士心里想：“这根本就是障眼法的魔术！骗不了我。”就说道：“啊！这真是稀有啊！但是还是请尊者把病移给我好啦！”
尊者说：“你既然这样苦苦的要求，我就把病的一半移给你好了。全部移给你，你决无力承受的！”尊者便把病苦移了一半给他。操普博士顿时痛得要昏了过去，颤抖都不可能，呼吸也出不来。差不多即要断气的时候，尊者就把移给他的病收回了一大部分，又问他道：“我才给了你一小半病，怎么样？受得住吗？”
操普亲自尝试过这一场剧痛之后，心里生起了猛利的忏悔心。跪下来，顶戴尊足，满面流泪的哭道：“尊者！尊者！圣人！圣人啊！我诚心的忏悔了！求您饶恕我啊。我把所有的家产一切都供养给尊者，我的罪业果报，请尊者想办法啊！”操普哭得非常的伤心。
尊者看见他是真心忏悔，非常高兴，就把他身上还剩下的一小部分病也收了回来，对他说道：“我一生从不要田宅财产，现在快要死了，更用不着这些了。你保留着好了。以后就是断命也莫要再作恶事了。你这一次所作罪业果报，我答应替你消除好了。”于是尊者就唱了一个歌：
敬礼具相马尔巴师，五无间罪虽已作，
疾速忏悔得消除。依我善业与功德，
三世诸佛善愿力，众生罪业愿除净。
汝之一切大痛苦，我皆代受愿清净。
上师恩重如父母，毒害恩师实可悯；
此业所招异熟果，我愿代受净汝罪。
于一切时一切处，愿离罪业之伴侣；
生生世世任何时，愿常伴遇善知识。
不以恶业而聚财，亦不损恼任何人；
愿尽法界众有情，皆发慈悲菩提心。
操普听了尊者的歌以后，非常感动欢喜，对尊者说道：“我从前作恶的原因，大半都是为了钱财，我现在也无需任何财产了。尊者自己虽然不要，但是尊者的弟子们修行总是需要资粮的，请您替他们收下了吧！”他虽然这样请求，尊者还是没有接受。后来弟子们接受了，就把这笔财产作为集会供养之用。到了现在，曲巴地方还有这个集会供养。操普博士此后果然放弃他一生的贪恋，成为一个很好的修行人。
尊者对弟子们说：“我所以要住在这里，就是要令这个大罪人真心忏悔从罪苦中解脱。如今此事已毕，我该要走了。本来大修行人在村镇中圆寂，就如同皇帝在平民家中死去一样，所以我要到曲巴去找死的地方了。”
弟子色问惹巴就说：“上师啊！您老人家这样重的病，走去实在太辛苦了，我们去弄一个轿子来抬您走吧！”
尊者说：“我不一定真是在害病，我死也不是真的死，只是示现病相、死相而已！用不着什么轿子。年青的徒弟们，你们先到曲巴去吧！”
等到年青的弟子们走到了曲巴的时候，尊者早已在炽结崖洞等候他们了。许多年长的徒弟们说：“是我们伴随着尊者一起来的。”另一个人说：“尊者在毒龙顶窟上害病休息。”曲巴村后到的施主们却说：“我们看见尊者在著卡顶窟说法。”又有些施主则说：“是我们和尊者一同来的。”还有许多人却都说：“我们各人在自己的家中都有一个尊者前来承受供养。”那些最先从曲巴来的人就说：“尊者先到曲巴去的！是我们侍候尊者一起来的！”于是后来的，看见尊者说法的，和承事供养尊者的，大家各执一词，争辩起来，不知谁是谁非。尊者听了笑道：“你们都是对的，我之所以如此，不过是同你们开一开玩笑罢了！”
尊者在炽结窟示现病态。那时天空中出现了像说法时一样的虹彩、花雨等瑞征。于是大家就知道尊者真的要到他方世界去了。寂光惹巴、雁总巴、色问惹巴等弟子就请问尊者说：“尊者涅槃以后，到哪一个净土中去？我们徒众们应该向何处祈祷？”
尊者说：“你们随便在什么地方祈祷都是一样。只要有信心，虔诚祈祷，我一定会在你们的面前的。你们祈求的事，我一定赐给。
“这一次，我要到东方现喜净土去朝礼不动如来。我从前曾提起过还有话对你们说，那就是我的遗嘱。我密勒日巴死后，除去极少的几件用品外，什么财产也没有。你们可将我的棉衣和手杖交给惹琼巴，他很快就会回来的，告诉他这两样东西与修气功的缘起有关。在惹琼巴没有到之前，千万莫要触动我的尸体。
“这个主梅纪巴的帽子和沉香木杖，具有以善见善观而弘扬佛法的缘起，付给卫巴顿巴。这个木碗，寂光你拿去吧！这个灵盖，雁总顿巴给你吧。打火石给色问惹巴。这双骨头匙子给炽贡惹巴。把这块布垫子分成碎片，分给其他的弟子们，一人可以拿一片去。我这些东西并没有什么金钱的价值，送给你们的意义，主要的在显示缘起而已！
“我最重要的遗嘱与我密勒日巴多生来聚集的金子，都藏在这个灶头底下。我死了以后，许多无识的弟子也许会因为我的后事而争吵，那时你们可以把那遗嘱打开来看。那里面还有指示你们修行的办法。
“又有某些只有少量福德的学佛人，为了今生的名闻恭敬，表面上东做佛事，西做功德；实际呢，他供施一百，心里却想收回一千。这些贪求果报而行佛事的世俗人，就等于把毒药混在美味里进食一样。所以你们不应该为了今生的名闻恭敬而饮下这个‘好名’的毒药。那些表面上是佛法，而实质上是世法的事，你们都要彻底舍弃，一心精进，修行纯净的佛法才好。”
诸弟子又请问尊者说：“如果对于众生有利益，我们是否可以行一点点世法？”
尊者说：“行世法的动机，如果丝毫也不是为了利己，那是可以行的。可是照这样行，实在是太困难了。如果为了一己的贪欲而行利他，则自利尚不成，更谈不到利他了。就象不会游水的人去游水，不但游水不成，反而为水所淹毙一样。所以在没有证得实相空性以前，最好不要谈利生的事业！己无修证，就要利生，等于瞎子引盲人，最后终究要堕入自私的深渊中去。本来虚空无尽，众生亦无尽，自己修行成就了以后，度生的机会实在太多了；任何时间，任何地点，都可以度化众生。在未成就以前，你们应该以‘清净意’发‘大悲心’，为利益一切众生的原故而勤求佛果。放弃衣食名利的思想，身耐劳苦，心负重荷，如是修行才是。这就是度众生，也就是修行入道完成自他一切的究竟利益。我有一歌，你们仔细听着：
敬礼马尔巴译师前，凡欲学佛修行者，
若不依止具相师，虽有恭敬无加持。
甚深灌顶若不获，执续部义徒自缚（密乘的经典统称为续Tantra）；
不以续部为依准，一切作仪成谬误。
若不修观深秘诀，舍世间法徒自苦；
不能降伏诸烦恼，巧舌如簧皆空语。
不明甚深方便道，虽常精进无利益。
不明玄奥三要点，虽勇猛修路遥远；
不集广大之福德，徒求自利轮回因。
虽集福德不求法，勤修亦难成功德；
知足乃是无价宝，远胜黄金千万亿。
身内安乐若不生，寻求外乐痛苦因；
爱名魔心若不除，终将自败惹烦恼。
贪乐则为五毒恼，物欲终使慈悲离；
骄傲自慢是非因，独居自无口舌灾。
心离散乱修专注，寂处能邀胜伴来；
安守卑下得上位，缓行偏能成速达。
舍离诸事大事兴，守甚深道道速成；
若证空性悲心生，悲心生处自他泯。
无自他故能利生，利他事成重见我；
由见我故成佛陀；我与佛陀暨佛子，
无差别观应祈请。
尊者又继续说道：“现在我不能再久住了，你们应该记住我的话，继持我的宗风！”
说毕就入大定，示现圆寂。享寿八十四岁，于木鼠年（1135年）冬季末月十四日黎明，星光欲没，朝阳正升之时，尊者之色身入法界体性，显示涅槃之相。
这个时候，天人空行集会的胜相，较前更为广大殊胜。空中出现广大鲜明的虹彩，这虹彩清楚得好象手都可以摸得着一般。各种颜色交织在空中，虹彩的中间有八瓣莲花的形象，莲花的上面，有极美丽的坛城；世界上最好的画家也画不出这样美丽的坛城来。尖端的五色彩云，变成胜幢、缨络、宝幡等无尽的形状，各色各样的花朵自天而降，纷落如雨。彩云缭绕在四周的山顶。宝塔状的云朵向曲巴的中心围拥着。大家都听见悦耳的天乐和赞语。异香流溢大地。世间的俗人也都能看见天人神像满驻虚空，行广大的供养。人们看见天神们赤身裸体亦不以为怪；天神们却个个都怕嗅着人体的臭味，碰见了人常掩面而过。有的天神和人互相谈话招呼。人人都看见这种种的稀有奇迹。
荼毗法会
鸭龙的施主们，听见尊者已入涅槃，都跑到曲巴来，对诸大弟子和曲巴的施主们陈述了很多的理由，要把尊者的遗体请到鸭龙去埋葬，却被尊者的大弟子们拒绝了。于是鸭龙的施主们要求暂缓举行大礼，给布林以及各地的信士们一个最后的机会，来瞻仰一次尊者的圣容。曲巴的施主们答应了这个要求。鸭龙的人便回去紧急集议，结果带了一群勇武有力的人来准备抢走尊者的遗体。遂与曲巴施主双方争吵起来，骚乱得几要动武。大弟子们看见这种情形，立刻对他们说道：“大家都是尊者的信徒！请不要争吵。尊者既然在曲巴涅槃了，当然不合在鸭龙举行大礼，请你们在此地等着，大礼举行完毕后，你们一定可以分到尊者的舍利和骨灰来供养的！”但是鸭龙的人们仗着人多，不肯听话，仍要准备硬抢。忽然空中出现了一个天神，口中发出尊者的声音，唱道：
在此集会诸徒众，毋用争辩听我歌：
我乃尊者一学子，专为排难解纷来。
密勒日巴圣者心，已入无生法界性；
惟圣者心为真身，除此更无他真身。
应身溶入法身时，物所聚身复何用？
若于此义能通达，宁因腐尸起争纷！
可怜汝等尽愚痴，为此朽尸作争持；
斗争辩驳焉能决？殷勤祈祷乃可得。
若能专心作祈祷，无生法身纵难证；
亦为大悲宏愿摄。随顺不同之缘起，
变成无尽之化身；定住尊者悲护中。
歌声甫毕，空中天神像虹光一样的消逝不见了。施主和徒众们如同又见到尊者一样，说不出的欢喜和高兴，大家都不再争吵了，就一心一意的祈祷。终于在不可思议的幻化中，除诸大弟子和曲巴施主们保有原有的遗体以外，鸭龙地方的人民却也得到了另一具尊者的遗体，他们就抬着这个遗体，到那其雪山的大鹏蛋窟的顶上举行火葬。空中又出现了与前次涅槃时一样的五色虹光、彩云、天乐、异香和其他种种的奇征。
在曲巴这一边，诸大弟子和施主们连续的至心祈祷了六天，尊者的面孔忽然容光焕发，年青得好象八岁小童一般的模样。这时几个大弟子就议论道：“惹琼巴恐怕不会来了。如果我们再延迟的话，可能什么都留不下来了。甚至一点供养的骨灰都拿不着了。我们还是赶快举行火葬吧！”大家商量以后，就依次作最后一次的尊者的圣容瞻仰。同时把圣体移到炽结窟前面的法座崖上，并架起火葬的台子，然后把圣体安放在台上，划好坛城。虽然比不上天人的供养，却把人间最好的供品陈列起来。在黎明之际，举行了各种祈祷与仪式，大家就想举行火葬。但是无论如何，火总点不起来。在这当儿，天空中忽然出现一道虹彩，带来了五个空行母，齐声唱道：
智慧拙火圣者火，瑜珈行者常修故；
何用世间业火薪？
即此肉身本法身，常修本尊佛陀故；
岂留肉身之腐尸？
本尊庄严之坛城，身中瑜珈早圆满；
何用绘画之坛城？
心气不二拙火灯，尽未来际得长明；
何用汝等泥油灯？
胜妙受用五甘露，昼夜恒常享受故；
汝设食品为谁供？
身着持戒清净衣，二障习气咸净涤；
汝持净瓶欲谁洗？
香云华盖虚空遍，坛城香溢妙庄严；
汝等世间愚痴辈，引火爇香欲何为！
四方空行启妙声，智慧佛母歌法音；
汝等世间愚痴辈，唱念仪轨欲谁听！
恒沙持明皆围绕，亿万勇父作祈祷（密乘的修行人统称持明，这里指像恒河中沙那么多的密乘修行人）；
汝等世间愚痴辈，喋喋咻咻欲何为！
彻证真如实相士，遗体任意可处置；
人天福田共依处，何用尔等为守护！
上师尊前发宏誓，依誓行事免祈请；
尊者遗体如宝藏，勿劳守护任自然！
上师佛陀有密语，何用汝等饶舌为？
口诀秘密空行持，静处独坐闭关修。
终身勤修之传记，违缘虽多得成就；
依从希有父传诀，当得成就定无疑。
至尊密勒日巴传，勿劳汝辈为宏传；
是乃智慧空行歌，具大加持应雀跃。
密勒子传承继者，成就无量如大海，
善根弟子如群星。此方他方所有地，
人畜无病常吉祥。今日在此集会众，
将不堕落诸恶趣；愿证真如大坛城，
心境一如忘二执。尊者今日之涅槃，
具大义利应生信；依尊者教如法修，
速疾能得究竟乐。
于是雁总惹巴就说：“尊者的遗训和几位空行的歌词，都教我们在惹琼巴没有到以前，不要触动尊者的遗体。但是惹琼巴到现在还不来，恐怕不久遗体要腐烂了，怎么办呢？”
寂光惹巴说：“从尊者和空行的训示，以及火烧不着遗体的种种因缘看来，惹琼巴一定很快就回来的。我们还是恳切祈祷吧！”大家把圣体移回洞中，都又一致恳切的祈祷。
却说，惹琼巴那时正在罗若多寺修法。一天晚上的后半夜，在光明与睡眠混然一体的觉受中，他看见在曲巴地方，有一座水晶塔放出了周遍虚空的光明；无数空行拥着这个宝塔，迎请着向他方世界去了；地上到处都是自己的金刚兄弟和尊者的施主们。天神与空行的歌声响遍了天空，到处都是不可思议的大供养云。惹琼巴就向宝塔顶礼，忽然间尊者的面庞从宝塔中现了出来，对惹琼巴说道：“儿啊！虽然你没有照我的话及时赶回来，但是如果我们父子能够再见一面，我是非常快乐的。你我父子今后恐怕不能常常见面了，不要再失去这难得的机会，让我们父子好好的谈一次话吧！”说完了，尊者就把手放在惹琼巴的头上，满面含笑的看着他。惹琼巴心中又悲又喜，生起前所未有的信心和稀有难得的感觉。
惹琼巴醒了以后，想起了尊者从前对他说过，要他在某时回去的话，心中大为惊惶道：“难道尊者涅槃了吗？”顿时生起难以忍受的悲哀和猛利的信心。乃一心向尊者祈祷道：“上师啊！我没有及时赶到，真是后悔哟！但是我马上就要回来了！”正想间，空中出现了两个少女，对他说道：“惹琼巴！尊者要到净土去了！你要不赶快走，恐怕今生再也看不见尊者了！快点走吧！”
惹琼巴这时心中专念着上师，归心似箭，立刻就起身回去。罗若多寺的鸟雀，这时正在吱吱的报晓。
惹琼巴一心祈祷上师，一面运起气功，如箭驰一样的飞来。驴马须走两月的路程，半个早上就飞过了。到了亭日和布林交界的钵赛山顶时，天才大亮，太阳刚刚出来。他就坐下来，稍微休息了一下。抬头一望，到处都是祥云异彩；特别是尊者入寂的山顶上，有一个广无边际的大云伞盖，放出万丈的光芒。无数天神、空行正在以五欲供云大兴供养。有的天人在祈祷，有的在发愿，有的在礼拜，有的在唱着赞美歌。惹琼巴见了，心中又悲又喜，怀疑地向一个天神问道：“你们这样供养礼拜，是为的什么呀？”
天神答道：“你这个人难道耳聋了么？眼瞎了么？这样人天兴供的非常缘会，你都不知道吗？这是密勒喜笑金刚大士到空行刹土中去，天人大众对他都在供养祈祷，难道你不知道吗？”
惹琼巴听了这个话以后，心如刀割，向尊者入寂的山窟处飞跑而来。跑到曲巴一处像宝塔形状的平地时，像作梦一样，看见尊者满面含笑的向自己说道：“是不是我的儿子惹琼巴来了啊！”
惹琼巴一见，心中说不出的欢喜，以为尊者并没有涅槃，连忙上前顶礼尊足，祈祷问安。惹琼巴又向尊者问了许多的问题，尊者都回答了。最后尊者对惹琼巴说：“儿啊！我先走了，你随后来吧！将来我会来接你的！不要忘记我的话呀！”说完，忽然一刹那间，尊者就不见了。
惹琼巴心中七上八下地向曲巴赶来，到了尊者入灭的山窟前，看见徒众施主们正在尊者的遗体旁边悲哀地祈祷环绕。有许多新来的徒弟们，他们从来没有见过惹琼巴，就阻挡住不要他进洞走近尊者的遗体。惹琼巴心中说不出的哀痛，痛哭流泪，唱了一只七支供养歌：
三世诸佛的悲心，十方众生的依怙；
我恩重的慈父上师啊！
您那无缘大悲的心智中，难道听不见徒儿的哭诉？
您那无缘大悲的心智中，难道不悲悯您徒儿的痛苦？
唉！我慈父的上师啊！
停了一下，惹琼巴又继续唱道：
如今父子成死别，我心恻恻不胜悲；
为瞻尊者遗容故，无福弟子来朝谒。
大悲上师宁不见，慈父见儿宁不悯？
大慈大悲雄力父，无异三世诸佛陀！
弟子三门敬礼赞，如教修持为供养；
罪业邪见我忏悔，所有善业皆随喜。
请转甚深妙法轮，哀求住世莫涅槃；
一切修行所作善，回向能满上师意。
愿此回向得圆满，令我下劣恶根者，
得睹尊者之遗容。
昔为尊者之爱徒，如今不能见师颜；
虽无现前谒师福，愿见上师之遗容。
由见尊者遗体故，愿生亲见之觉受；
修行二种次第时，愿赐除障之口诀。
我此悲痛之祈请，尊者慈心宁不护？
不悲弟子复悲谁？愿父无缘大悲钩；
恒常钩摄勿舍我，平等性中常悯我！
薄慧劣根惹琼巴，慈父三世慧眼视；
五毒所恼惹琼子，慈父五智慧眼视；
一切众生祈勿舍，悲视汝子惹琼巴。
惹琼巴的歌声刚一传进洞去，尊者的遗容突然大发光彩，面貌如生。尊者的遗体忽然自己生起火来。寂光惹巴、雁总顿巴和各大弟子施主们一听见惹琼巴的歌声，都赶快出来迎接。但是惹琼巴因为新来那些弟子不认识他，不要他进去，心中非常难过，所以没有立时进去。等唱完了七支供养歌之后，才走进洞内。因为惹琼巴热情和至诚的歌声祈祷感动了尊者，虽然尊者已经趋入了光明法性的大涅槃，这时又从光明而起，坐了起来，对那些新来的徒众们说道：“你们初修的徒众啊！莫要这样做！惹琼巴是人中狮子，你们应该敬重他。”又对惹琼巴说道：“儿啊！你不要这样难过，到你父亲的身旁来吧！”
